Pese a que El Hierro se encuentra en la zona de influencia de los vientos alisios, la vegetación no es tan frondosa como en las islas vecinas de La Palma, Tenerife y La Gomera. La razón de esto es la juventud de la isla, que aún está cubierta en gran parte por campos de lava jóvenes. Los bosques que cubrían la meseta central de la isla han desaparecido debido a la tala y a la erosión del terreno. No obstante, aún pervive una gran cantidad de especies endémicas. Ejemplos de ello son los fósiles vivos, como el drago y los helechos. Restos fósiles muestran que la variedad de plantas existentes en el pasado procedían de la zona mediterránea, donde proliferaban hace un millón de años. En el Mediterráneo se extinguieron durante el Período cuaternario, con el comienzo de la última glaciación. Debido a la diferencia de condiciones climáticas estas especies han perdurado en la zona atlántica.

En El Hierro, debido al aislamiento, algunas de ellas se han transformado hasta dar lugar a endemismos. En total, en la isla se encuentran 150 especies endémicas de Canarias, de las cuales 11 sólo se encuentran en El Hierro. Se trata de especies de crasuláceas, líquenes, cardones y Echium que crecen en las paredes de los acantilados.

La cota de altitud es decisiva para el desarrollo de la vegetación. La costa árida se encuentra hasta los 400 msnm, de los 400 a 800 metros se encuentra la zona semihúmeda y de los 800 a los 1500 se encuentra la zona húmeda.

Zona árida

En las costas, las plantas se nutren principalmente del rocío nocturno, por ello las especies más comunes son las crasuláceas especialmente del género Aichryson, conocidas como suculentas por su forma de almacenar agua. Otra de las plantas características de la zona es la Tabaiba. El jugo de la Tabaiba dulce (Euphorbia balsamifera) era usado por los bimbaches como una especie de chicle que calmaba la sed. El jugo del cardón lo usaban como veneno para la pesca. El cardón se puede observar en El Hierro especialmente en los riscos de la zona de Las Playas, que también recibe el nombre de Los Cardones. También en las zonas costeras crecen otro género de plantas carnosas resistentes a la escasez de agua.

Zona semihúmeda

En esta zona, que comienza entre los 200 y 400 msnm habitan colonias de plantas suculentas y otras plantas de hoja ancha. También crecen cáctus y ágaves. Los ejemplares endémicos del género Aeonium son los Aeonium hierrense y Aeonium valverdense. Los especímenes de ágave que se encuentran en esta zona fueron introducidos desde América, especialmente de la zona de México. Otras especies son la Palmera Canaria, la penca, y las sabinas. Las pocas sabinas que quedan en la actualidad se encuentran deformadas por los fuertes vientos que azotan la zona. Son los restos de un antiguo bosque con cubría toda la parte central de la isla.

Zona húmeda

En esta zona, que se desarrolla entre los 800 y los 1500 metros de altitud es donde se registran las mayores precipitaciones. Los bosques de laurisilva, también conocidos como monteverde son la nota característica de la zona. No obstante, la concentración es menor que en La Gomera y La Palma.

En el interior de la isla, al norte de San Andrés, a una altitud de 1000 metros se encuentra uno de los símbolos de la isla, el Garoé o Árbol Santo. El Garoé era un árbol santo para los bimbaches. El ejemplar actual fue plantado en 1957. El original era un ejemplar de tilo que fue derribado por una tormenta en 1610. Hay un pequeño centro de información turística donde se explica la función que tenía este árbol en la sociedad guanche, pues debido a la condensación del agua de las nubes en sus hojas proveía de agua a los bimbaches. El escudo actual de la isla muestra al Garoé en el centro